Dal Duecento fu rifatto ed ampliato e poi devastato da incendi sia nel 1289 che nel 1374; in seguito si abbandonò l’uso della sede vescovile e si affittò ad uso locanda.
Qualche resto dell’impianto del Duecento si può osservare in un’apertura a loggia nel piano nobile e in un oculo tamponato, oggi visibile nelle sale dell’archivio vescovile.
La sede episcopale fu riportata nel centro della città nel 1477 con l’elezione a vescovo del reggiano Bonfrancesco Arlotti; da qui si comincia ad ampliare e aggiornare l’impianto architettonico del palazzo, sempre in relazione con i soggiorni romani di Arlotti in una delle corti più importanti del Rinascimento, quella di papa Sisto IV.
Inizialmente si amplia il palazzo tra il Battistero e la Cattedrale, che poi vengono uniti in un unico corpo di fabbrica (l’attuale prospetto è del 1878)
Sono questi lavori a creare la modifica della parte absidale del Battistero, di cui un’illusionistica reintegrazione può essere rappresentata dallo sfondo architettonico dell’affresco del Battesimo di Cristo, dipinto intorno al 1497 dal reggiano Francesco Caprioli, con la probabile partecipazione di Cesare Cesariano per quanto concerne la parte architettonica; trattasi di una delle prime adesioni reggiane al nuovo linguaggio rinascimentale. È forse assegnabile allo stesso Cesariano il rinnovamento della zona absidale della Cattedrale, altro punto del programma edificatorio dell’Arlotti, compiuto tra il 1502 e il 1508.
